En mayo de 2022, durante un entrenamiento en Casa Amarilla, Agustín Almendra tuvo un encontronazo con Sebastián Battaglia, por entonces director técnico de Boca. Como resultado de ese cruce, Battaglia decidió separar del primer equipo al volante y semanas más tarde Darío Benedetto, capitán y referente del equipo declaró ante la prensa que Almendra no entendía lo que era representar a Boca y que había que sacarlo del plantel: “Agustín nunca entendió la camiseta que tenía puesta. Había que sacarlo de raíz y se sacó“, sentenció.
Según testigos, Almendra se enojó con Battaglia porque le estaba intentando cambiar la posición del campo en la que jugaba, y le habría dicho: “A vos te manejan, ganaste todo, pero como DT sos un desastre“. El caso es que Almendra, que en ese momento estaba básicamente en el pico más alto de rendimiento de su carrera, y había sido sondeado por el Napoli y el Arsenal, fue cortado en forma terminal y esa decisión fue bancada por los pesos pesado del equipo y el Consejo del Fútbol.
En todo sentido era un problema para Boca, que perdía de esa manera a un jugador que la estaba rompiendo junto a Alan Varela y Cristian Medina en el mediocampo, y que a su vez había sido sondeado fuerte por el Napoli, club que llegó a estar dispuesto a pagar más de 20 millones de dólares por su pase. Las buenas actuaciones del volante hacían creer tanto a él como a la dirigencia que de mantenerse, su valor de mercado crecería y podría luego ser vendido a una cifra más alta, por lo que tras una discusión todo cambió y no hubo vuelta atrás.
Cuando Battaglia dejó el club en julio de 2022 y asumió Hugo Ibarra, Amendra creía que tendría su oportunidad de volver pero el nuevo cuerpo técnico entendía que no sería positivo y en consecuencia le comunicó al jugador y al Consejo que no formaría parte del plantel. Almendra entró en cólera y pidió irse, pero Boca no lo quería regalar puesto que es un jugador de proyección europea, y esperó ofertas. Con contrato hasta el 30 de junio de 2023, Almendra terminó quedándose apartado y entrenando por su parte durante un año, y recién días atrás quedó libre para firmar con Racing, que será su nuevo club.
De esa manera, Boca perdió un valor bruto del club ya que había hecho las inferiores ahí. No hubo manera de volver para atrás y ahora el volante seguirá su carrera en Racing, club del que trascendió sería hincha y en el que dirige un ex compañero que lo vio debutar, Fernando Gago, por lo que inicia una nueva aventura para un jugador que dicen en el ambiente, sufrió un castigo mucho mayor al merecido.